凌云寺是由天王殿、大雄殿 、藏经楼组成的三重四合院建筑，丹墙碧瓦，绿树掩映。

天王殿前是参天古木楠树，殿外两侧分列着四座明清两代重修寺字的碑记。殿内正中塑像为弥勒坐像，皤腹欢颜，俗称“大肚罗汉”。两旁分列四大天王塑像，攒眉怒目，威武雄壮。天王殿后为韦驮殿，供奉木雕装金的护法神韦驮。

穿过天王殿，为明代建筑大雄宝殿，是僧众举行宗教活动的主要场所。殿内正中端坐释迦牟尼三身像（法身、 应身、报身），造型优美，神态庄重。两旁分列十八罗汉，神形各异，栩栩如生。大雄宝殿背面是新塑的净瓶观音，两边分列文殊、普贤、地藏和大势至四菩萨像，是明代以前的作品。

寺内最后一重殿是藏经楼，原为寺内收藏佛教经卷的地方，于1930年新建。从它的结构和外形可以看到近代建筑风格，在寺字中别具一格却另有一番情趣。楼下新辟“海师堂”，塑有大佛建造者海通法师、章仇兼琼、韦皋的全身像，以此寄托后人对他们的敬仰之情。